SNP quality control and PCA analysis with Plink Software in RStudio.
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SNP quality control and PCA analysis with Plink Software in RStudio.
PLINK command-line program, which easily handles large-scale SNP dataset. This software involve running several commands (or options), e.g. to produce summary statistics on missing data, to exclude some SNPs based on these results, to run an association analysis. Each command involves a separate instantiation of plink – note that PLINK does ...
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