スクロールせずに見えるコンテンツであるヘッダーに関するスタイル指定をしたheader.cssのみをwp_headで読み込み、その他はフッターのwp_footer関数にて読み込むようになっています。 なお、wp_register_styleとwp_enqueue_styleについては下記の記事で書いていますので、よかったら読んでみてください。

flexboxを使ったテクニックでは、ヘッダなどの他の要素を加えることもできます。flexboxで使っている方法はいずれかです。 「flex:1;」は、フリーのポジティブなスペースがある場合にそのスペースを満たすようにエリアを確保します。この場合はコンテンツ ...

この方法はシンプルで、フッターを固定したい多くのシナリオに対応可能です。特に、コンテンツの量が少ないページに適しています。 ※position: fixed;は画面固定なので別の仕様になります。 flex-direction: column;を使って子要素（この場合は.contentと.footer）を ...

ナビゲーションを配置したヘッダはスクロールしても常に上部に固定されており、フッタはコンテンツの量が少なくても最下部に配置されるページを実装するスタイルシートを紹介します。 Bootstrapに素晴らしいデモがあったので、そこからデモを紹介します。