El proceso que llamamos comunmente compilar un programa, en realidad consta de varios procesos independientes y sucesivos. Cuando ejecutamos el compilador gcc, según los parámetros que le pasemos, ...

Cuando intento compilar en geany me pone /bin/sh javac not found,la cuestion es que el jdk esta instalado y compilo desde la terminal sin problemas,donde puedo configurar geany para que encuentre ...

En Netbeans no sé cómo se hará exactamente, pero los .jar tienes que importarlos al proyecto. En Eclipse es en "Configure build path".